Patates (Solanum Tuberosum) Bitkisindeki Aromatik Amino Asit Metabolik Yolağının Biyoinformatik Yaklaşımlarla İncelenmesi
Öz
Aromatik amino asitler (AAA) şikimat metabolik yolu ile elde edilirler ve protein sentezinden sonra çeşitli ikincil metabolitler olan pigmentler, alkaloidler, hormonlar ve hücre duvarı parçaları gibi öncü maddelerin sentezinde kullanılmaktadırlar. AAA olan L-Trp, L-Phe ve L-Tyr amino asitleri korizmattan şikimat metabolik yolunun sonunda meydana gelmektedirler. Bu amino asitler özellike K1 ve B9 vitaminleri ile bitki savunma sisteminin önemli bir parçası olan salisilik asitin öncü maddeleridirler. AAA’ler hayvan hücrelerinde sentezlenemediğinden bitkisel kaynaklı yiyeceklerden karşılanması gerekmektedir. AAA ve türevlerinin bu önemli fonksiyonlarına rağmen, mikrobiyal çalışmalar dışında AAA metabolik yolu ve bu amino asitlerin bitkilerdeki düzenlenme mekanizması üzerine son derece sınırlı çalışmalar yapılmıştır. Bu nedenle bu çalışmada patates (Solanum tuberosum) bitkisinde AAA’lerin sentez mekanizmasında yer alan bazı genlerin hangi genlerle ilişkili olduğu dolayısıyla nasıl düzenlendiği biyoinformatik yaklaşımlarla incelenmiştir. Çalışmanın sonucunda AAA yolağındaki en önemli gen olan korizmat geni ile patates bitkisinde yer alan yaklaşık 39000 gen arasındaki ilişki ko-expresyon ağı ile belirlenmeye çalışılmıştır. Çalışma sonuçları şikimat yolağının anlaşılmasına katkı sunmaktadır.
Anahtar Kelimeler
Destekleyen Kurum
Muş Alparslan Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri (BAP)
Proje Numarası
Proje Numarası: BAP-18-UBF-4903-01
Kaynakça
- Bentley R. The shikimate pathway—ametabolic tree with many branches. Crit. Rev. Biochem.Mol. Biol. 1990; 25:307–84.
- Crone MR., Van Spronsen FJ., Oudshoom K., Bekhof J., Van Rijn G., Verkerk PH. Behavioural factors related to metabolic control in patients with phenylketonuria. J. Inherit. Metab. Dis. 2005; 28, 627–637.
- Doong R., Gander J., Ganson R., Jensen R. The cytosolic isoenzyme of 3-deoxy-o-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase in Spinacia oleracea and other higher plants: Extreme substrate ambiguity and other properties. Plant Physiol. 1992; 84: 351-360.
The Investigation of Aromatic Amino Acid Pathway in Potato (Solanum tuberosum) Using Bioinformatics Approaches
Öz
AAA is produced by shikimate metabolic pathway and is used in the synthesis of various proteins, secondary metabolites, such as pigments, alkaloids, hormones and cell wall fragments. The amino acids L-Trp, L-Phe and L-Tyr AAA are synthesized from chorismate, a protein at the end of shikimate metabolic pathway. These amino acids are specific K1 and B9 vitamins and precursors of salicylic acid, an important part of the plant defense system. AAA's cannot be synthesized in animal cells; therefore, they have to be taken from plant-derived foods. Despite these important functions of AAA and its derivatives, other than microbial studies, very few studies have been conducted on AAA metabolic pathway, and their regualtion mechanism in the plants. Therefore, in this study, genes interacting with chorismate in AAA pathway was identified by correlating all genes within the genome. The results are of importance to contribute for understanding of shikimate pathway in potato.
Anahtar Kelimeler
Proje Numarası
Proje Numarası: BAP-18-UBF-4903-01
Kaynakça
- Bentley R. The shikimate pathway—ametabolic tree with many branches. Crit. Rev. Biochem.Mol. Biol. 1990; 25:307–84.
- Crone MR., Van Spronsen FJ., Oudshoom K., Bekhof J., Van Rijn G., Verkerk PH. Behavioural factors related to metabolic control in patients with phenylketonuria. J. Inherit. Metab. Dis. 2005; 28, 627–637.
- Doong R., Gander J., Ganson R., Jensen R. The cytosolic isoenzyme of 3-deoxy-o-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase in Spinacia oleracea and other higher plants: Extreme substrate ambiguity and other properties. Plant Physiol. 1992; 84: 351-360.
Ayrıntılar
| Birincil Dil | Türkçe |
|---|---|
| Konular | Bitki Bilimi |
| Bölüm | Araştırma Makaleleri (RESEARCH ARTICLES) |
| Yazarlar | |
| Proje Numarası | Proje Numarası: BAP-18-UBF-4903-01 |
| Yayımlanma Tarihi | 5 Temmuz 2023 |
| Gönderilme Tarihi | 20 Haziran 2022 |
| Kabul Tarihi | 3 Aralık 2022 |
| Yayımlandığı Sayı | Yıl 2023 Cilt: 6 Sayı: 2 |
Kaynak Göster
* Uluslararası Hakemli Dergi (International Peer Reviewed Journal)
* Yazar/yazarlardan hiçbir şekilde MAKALE BASIM ÜCRETİ vb. şeyler istenmemektedir (Free submission and publication).
* Yılda Ocak, Mart, Haziran, Eylül ve Aralık'ta olmak üzere 5 sayı yayınlanmaktadır (Published 5 times a year)
* Dergide, Türkçe ve İngilizce makaleler basılmaktadır.
*Dergi açık erişimli bir dergidir.
Bu web sitesi Creative Commons Atıf 4.0 Uluslararası Lisansı ile lisanslanmıştır.